V okviru nedavno objavljene statistične analize približno 30.000 substratov katepsinov K, V, B, L, S in F smo vzpostavili programsko platformo SAPS-ESI (“Statistični pristop k specifični interakciji peptidni substrat – encim”), ki vsebuje nove pristope in algoritme za ugotavljanje specifičnosti pozicij blizu cepitvenih mest, razvršča substrate v skupine, ugotavlja vzorčne povezanosti aminokislin na različnih pozicijah (kooperativnosti), in napoveduje cepitvena mesta (Tušar in sod., 2023). Programsko platformo nameravamo nadgraditi z novimi metodami in algoritmi.
Cilji so:
- nadgradnja programske platforme SAPS – ESI za študij interakcij peptidni substrat – encim (v programskem jeziku python 3.x),
- analizirati podatke iz dodatnih podatkovnih baz substratov,
- razvijati nove pristope v statistiki in bioinformatiki za študij omenjenih interakcij,
- poiskati nove fiziološke vloge cisteinskih katepsinov in drugih encimov.
Reference:
- Turk et al., Cysteine cathepsins: from structure, function and regulation to new frontiers. Biochimica et biophysica acta 1824, 68-88 (2012).
- Tušar L. et al., Proteomic data and structure analysis combined reveal interplay of structural rigidity and flexibility on selectivity of cysteine cathepsins. Communications biology 6, 450 (2023).